Mere handel flyder mellem fraktionerne med deres helt nye skibe sejler på floderne. En ny stor bygning, værftet, opgraderer din forsendelse eller rækkevidde og producerer skibe med tyve fraktionskortudvidelser.
Fraktioner, der eksporterer, vil modtage VP og ressourcer afhængigt af den bygning, de leverer til. Fraktioner, der importerer og modtager en modstanders skib, får magten. Skibe graver og bygger sig i tilstødende sekskanter, så pas på! Skibe kan også forbruges og danne nye boliger. Skibsbevægelsen og boligerne tilføjer et nyt taktisk bevægelseselement til den allerede dybe strategi for Terra Mystica, samtidig med at de opretholder perfekt information.
Fraktionerne skal også tilpasse sig et helt nyt sæt af 12 runde scoringsfliser, fire nye skibsrelaterede favoriser, tre nye bonusfliser, tre ekstra magtaktioner, byfliser og to kort: Loon Lakes and Fjords. Kortene og det meste af rundenscoring kan også bruges med basisspillet, hvis det ønskes.
Fire og Ice-udvidelsen er ikke påkrævet, men materialet til dem leveres.